COMODO Registry Cleaner jest programem przeznaczonym do czyszczenia i naprawy wpisów w rejestrze systemowym. COMODO przeszukuje rejestr pod kątem usuniętych programów, ścieżek do zainstalowanych programów, ikonek, czcionek, plików DLL, kontrolek ActivX i COM. Tworzy backup wpisów przed ich usunięciem. Dodatkowo posiada moduł do defragmentowania rejestru i zarządzania autostartem.