Narzędzie służy do porównywania wersji plików i katalogów oraz zawartości wskazanych plików. Wynik operacji prezentowany jest w przejrzysty sposób w znajdujących się obok siebie dwóch panelach, z czytelnym zaznaczeniem wszystkich różnic pomiędzy wskazanymi, zbiorami. Aplikacja integruje się z system Windows i jest dostępna z poziomu menu kontekstowego. Dodatkowo WinMegre pozwala na scalanie zaznaczonych plików i katalogów.
