Gracz wciela się w dowódcę elitarnej jednostki antyterrorystycznej Rainbow Six. Jego zadaniem jest tak pokierować działaniami żołnierzy, aby uratować porwanych zakładników i zabić groźnych terrorystów. Nie wystarczy tylko polować na terrorystów, trzeba również odpierać ich ataki. W trakcie gry okazuje się, że organizacja terrorystyczna posiada groźną broń biologiczną. To dodatkowo utrudnia misję i sprawia, że staje sie ona ciekawsza.